Monseñor Juan Alberto Puiggari nació en la ciudad de Buenos Aires el 21 de noviembre de 1949, hijo del abogado Juan Alberto Puiggari y de la señora Elida Etcheverry Boneo.
Realizó sus estudios primarios y secundarios en el colegio San Pablo, de Buenos Aires, de donde egresó como bachiller en 1967, figurando entre los alumnos más distinguidos.
Recibió formación del presbítero Luis María Etcheverry Boneo, su tío, actualmente en proceso de beatificación, y estuvo vinculado apostólicamente a la Obra fundada por su tío, especialmente en el colegio San Pablo y la Agrupación Universitaria Misión (1968-1973).
Después de completar estudios universitarios en la Facultad de Filosofía de la Universidad Católica Argentina Santa María de los Buenos Aires (1968-1973) realizó estudios teológicos en el Seminario Arquidiocesano de Paraná (1973-1976), y recibió la ordenación sacerdotal de manos de monseñor Adolfo Servando Tortolo el 13 de noviembre de 1976. Desde entonces se desempeñó como sacerdote diocesano incardinado en la arquidiócesis de Paraná a la que sirvió con fidelidad y dedicación durante los gobiernos pastorales de los Arzobispos Adolfo Tortolo, José María Mestres y Estanislao Karlic.
Su ministerio pastoral estuvo siempre vinculado al Seminario Arquidiocesano, cuyo equipo de Superiores integró desde 1977. Fue profesor de asignaturas filosóficas en los Seminarios Menor y Mayor y Rector del Instituto Secundario del Seminario, incorporado a la enseñanza oficial. Se desempeñó como Rector del Seminario de 1992 a 1997. Fue miembro del Colegio de Consultores y del Consejo Presbiteral de la Arquidiócesis de Paraná.
El 20 de febrero de 1998 el papa Juan Pablo II lo nombró Obispo titular de Turuzi y auxiliar de Paraná. El 8 de mayo de ese mismo año recibió la consagración episcopal en la Catedral Nuestra Señora del Rosario, de Paraná, de manos de Monseñor Estanislao Esteban Karlic, Arzobispo de Paraná; de Monseñor Luis Guillermo Eichhorn, Obispo de Gualeguaychú y de Monseñor Mario Antonio Cargnelo, en ese entonces Obispo de Orán. Después de su ordenación episcopal continuó desempeñándose como Rector del Seminario Mayor Nuestra Señora del Cenáculo.
Trasladado como Obispo de Mar del Plata el 7 de junio de 2003, tomó posesión e inició su ministerio pastoral como quinto Obispo de Mar del Plata el 10 de agosto de 2003.
Fue promovido a Arzobispo de Paraná por Benedicto XVI el 4 de octubre de 2010.
El 4 de marzo de 2011 asumió como Arzobispo en esta Arquidiócesis de Paraná.
Entre las muchas obras llevadas a cabo desde ese momento, destacamos algunas.
El 24 de abril de 2014, monseñor Juan Alberto Puiggari, convocó a la comunidad católica a un sínodo Arquidiocesano, que se realizó en el año siguiente para “redescubrir la belleza y grandeza de ser discípulos-misioneros y el desafío de una anhelada conversión pastoral de nuestras comunidades, para pasar de una pastoral de mera conservación a una pastoral decididamente misionera”.
Después de un largo trabajo durante ese año, el domingo 24 de mayo de 2015, se inició el III Sínodo Arquidiocesano de Paraná con una misa en la Catedral de Nuestra Señora del Rosario. El arzobispo de Paraná, monseñor Juan Alberto Puiggari, presidió la misa inaugural de la solemnidad de Pentecostés y convocó a un nuevo impulso misionero. La primera sesión del sínodo se desarrolló inmediatamente después de la celebración. El 7 de octubre de 2016, fiesta de Nuestra Señora del Rosario, Patrona de la Arquidiócesis se entregó el documento con las conclusiones al pueblo en la persona de los Sinodales.
El 6 de marzo de 2015, comenzó a funcionar en la Arquidiócesis el primer cinerario en la Capilla de Lourdes de la ciudad al que se están sumando otros.
En agosto de 2015 comenzó a funcionar la Pastoral de la Consolación para llegar a las familias y amigos de las personas que sufren la influencia del mal en forma extraordinaria. Por lo tanto sienten la soledad en su cuerpo y en su alma y necesitan el consuelo de Dios. Funciona como un equipo interdisciplinario formado por tres sacerdotes, un Psicólogo, una Médica, una Psiquiatra, un abogado y laicos.
El 27 de noviembre de 2016 fue la llegada de la congregación Abba Padre a instalarse en la arquidiócesis. Y el mismo día en el marco del Año de la Misericordia, se inició un nuevo carisma en nuestra iglesia particular. Por ello, fueron consagradas tres vírgenes en la Catedral de Paraná, que implican una entrega total a Cristo, una configuración con el Esposo. Es el Señor quien llama y quien suscita en las familias y comunidades cristianas, la vocación a la Virginidad, libremente asumida y ofrecida a Dios.
En 2017 creó la Comisión Arquidiocesana para la Protección de Menores y en
2021 la Comisión Judicial Arquidiocesana en el ámbito de la Arquidiócesis de Paraná.
En la Conferencia Episcopal Argentina fue miembro de:
la Comisión de Ecumenismo, Relaciones con Judaísmo, el Islam y las Religiones, la Comisión de la Educación Católica, la Comisión para el Apostolado de los Laicos, la Comisión de Ministerios, la Comisión de Migraciones y Turismo, la Comisión de Cáritas y del Consejo Permanente para el Colegio Sacerdotal Argentino en Roma. Asimismo fue Delegado de la Región Pastoral Litoral.
Actualmente es Miembro de la Comisión Episcopal para la Universidad Católica Argentina y Responsable de la Región Litoral de Caritas.